No. La emulación de Citra en Android no soporta el modo online (local wireless o internet). Solo puedes jugar el modo historia y las misiones offline. Para multiplayer necesitas una 3DS real o emular en PC con Ryujinx/Yuzu (y aun así es complejo).
Tras el cese del desarrollo oficial de Citra, han surgido varias "forks" o versiones mejoradas que ofrecen un rendimiento superior en dispositivos móviles: Citra is the 3DS emulator. como jugar monster hunter 4 ultimate en android