इस फिल्म में ईथन हंट पर CIA का शिकंजा कस जाता है, क्योंकि CIA सिंडिकेट के अस्तित्व को ही नहीं मानती। हंट के ऊपर से सुरक्षा एजेंसी का भरोसा उठ जाता है और उन्हें 'दुष्ट' (Rogue) घोषित कर दिया जाता है। इस स्थिति में, हंट को अपनी टीम (बेंजी, ल्यूथर, और ब्रांड्ट) के साथ मिलकर इस अदृश्य दुश्मन से लड़ना होता है.